W Archiwum Kapitulnym znajdują się 323 inkunabuły, w tym liczący 65 pozycji depozyt Krakowskiego Seminarium Metropolitalnego. W księgozbiorze przeważają dzieła teologiczne, liturgiczne, zbiory kazań, wydania Biblii, komentarze do Pisma św. mszały, brewiarze i żywoty świętych. Są też dzieła filozoficzne Arystotelesa, Alberta Wielkiego, Tomasza z Akwinu i innych. Zbiór prawniczy reprezentują dzieła dekretystów: Gracjana, Bonifacego VIII, Innocentego IV, a prawo rzymskie Corpus iuris civilis i liczne komentarze. Z zakresu historii i geografii znajdują się tu książki m. in. Rolewincka, Schedla, Platiny oraz opracowania encyklopedyczne i słownikowe Jana Balbusa, Piotra de Monte, Jana de Sancto Geminiano i Izydora z Sewilli, a także pierwsze, drukowane gramatyki Tortelliusza, Perottusa i Piotra Heliasa z komentarzem Jana Sommerfelda, profesora Akademii Krakowskiej. Biblioteka przechowuje dwa, spośród najstarszych druków, wydanych w Polsce, tj. Opus restitutionum Franciszka de Platea z 1475 r. i Opuscula św. Augustyna z ok. 1476 r., z krakowskiej oficyny tzw. Kaspra Straubego. Do rzadkich druków należy Resolutorium Jana de Lapide, wydane w ok. 1498 r. w Kolonii.
Najstarsze druki pochodzą przede wszystkim ze zbiorów katedry krakowskiej i szkoły katedralnej oraz z legatów bibliofilów, kanoników katedralnych, jak Jan Stanko, Arnolf z Mirzyńca, Jan Fox, czy mansjonarz kościoła Panny Marii w Krakowie Świętosław, zwany Milczącym. Część księgozbioru została nabyta po kasacie zakonów, np. inkunabuły z biblioteki Duchaków. Pierwszy katalog inkunabułów został opracowany przez ks. Ignacego Polkowskiego: I. Polkowski, Dwieście najstarszych inkunabułów z biblioteki kapitulnej krakowskiej od roku 1462-1500, Kraków 1887. Katalog ten był pionierski w dziedzinie inkunabulistyki na skalę Polski.
Nowy katalog inkunabułów został opracowany przez s. Klarę Antosiewicz CCSS:
K. Antosiewicz, Katalog inkunabułów Biblioteki Kapituły Metropolitalnej w Krakowie, „Analecta Cracoviensia” XII, Kraków 1980.