W naszych zbiorach posiadamy ponad 240 rękopisów. Są wśród nich m.in. księgi liturgiczne, Biblie, komentarze biblijne, teksty teologiczne, teksty dotyczące prawa kanonicznego, dzieła ks. Jana Długosza i inne.
228 manuskryptów zostało skatalogowane przez ks. Ignacego Polkowskiego:
I. Polkowski, Katalog rękopisów kapitulnych katedry krakowskiej, Kraków 1884.
Nowsze informacje nt. naszych zbiorów aktualizowane są na stronie manuscripta.pl
Ks. Polkowski nadał manuskryptom nowe sygnatury, które są dziś powszechnie używane. W literaturze można jednak spotkać także stare sygnatury. Ich konkordancja dostępna jest na stronie manuscripta.pl
W naszych zbiorach posiadamy mikrofilmy rękopisów oraz fotografie niektórych manuskryptów.
Sygnatura zbioru: Kraków, AiBKKK, Ms
Pontificale Episcopi Sbignei
Pontyfikał z XV w. należący do kardynała Zbigniewa Oleśnickiego (1389-1455) o czym świadczą miniatury jego herbu Dębno. Na obrazie karta z początkiem obrzędu święceń.
Rękopis zakonserwowany w roku 2014
Kraków, AiBKKK, Ms 12, k. 58v
Ordo coronandi regis Poloniae
Księga liturgiczna z XIV w. używana przynajmniej od koronacji Władysława Jagiełły w 1386 r. Na zdjęciu pierwsza karta z początkiem obrzędu
Rękopis zakonserwowany w roku 2006
Kraków, AiBKKK, Ms 17, k. 2r
Praedicationes
Najstarszy przechowywany w Polsce manuskrypt pochodzący z IX w. zawiera kazania na różne dni postne
Rękopis zakonserwowany w roku 2008
Kraków, AiBKKK, Ms 140, k. 100v
Ewangeliarz Emmeramski
Księga liturgiczna z XI. Na zdjęciu przedstawienie cesarza, najprawdopodobniej Henryka IV
Kraków, AiBKKK, Ms 208, k. 76v-77r
Kalendarz i roczniki krakowskie
zawierające chronologię najważniejszych wydarzeń Polski średniowiecznej
Kodeks z połowy XIII w. Na zdjęciu karta ze wspomnieniami liturgicznymi w miesiącu styczniu
Rękopis zakonserwowany w roku 2006
Kraków, AiBKKK, Ms 209, k. 17r
Zeznania świadków o cudach za przyczyną św. Stanisława
rok 1252
Rękopis zakonserwowany w roku 2007
Kraków, AiBKKK, Ms 228
