W Archiwum Kapitulnym znajdują się 323 inkunabuły, w tym liczący 65 pozycji depozyt Krakowskiego Seminarium Metropolitalnego. W księgozbiorze przeważają dzieła teologiczne, liturgiczne, zbiory kazań, wydania Biblii, komentarze do Pisma św. mszały, brewiarze i żywoty świętych. Są też dzieła filozoficzne Arystotelesa, Alberta Wielkiego, Tomasza z Akwinu i innych. Zbiór prawniczy reprezentują dzieła dekretystów: Gracjana, Bonifacego VIII, Innocentego IV, a prawo rzymskie Corpus iuris civilis i liczne komentarze. Z zakresu historii i geografii znajdują się tu książki m. in. Rolewincka, Schedla, Platiny oraz opracowania encyklopedyczne i słownikowe Jana Balbusa, Piotra de Monte, Jana de Sancto Geminiano i Izydora z Sewilli, a także pierwsze, drukowane gramatyki Tortelliusza, Perottusa i Piotra Heliasa z komentarzem Jana Sommerfelda, profesora Akademii Krakowskiej. Biblioteka przechowuje dwa, spośród najstarszych druków, wydanych w Polsce, tj. Opus restitutionum Franciszka de Platea z 1475 r. i Opuscula św. Augustyna z ok. 1476 r., z krakowskiej oficyny tzw. Kaspra Straubego. Do rzadkich druków należy Resolutorium Jana de Lapide, wydane w ok. 1498 r. w Kolonii.
Najstarsze druki pochodzą przede wszystkim ze zbiorów katedry krakowskiej i szkoły katedralnej oraz z legatów bibliofilów, kanoników katedralnych, jak Jan Stanko, Arnolf z Mirzyńca, Jan Fox, czy mansjonarz kościoła Panny Marii w Krakowie Świętosław, zwany Milczącym. Część księgozbioru została nabyta po kasacie zakonów, np. inkunabuły z biblioteki Duchaków. Pierwszy katalog inkunabułów został opracowany przez ks. Ignacego Polkowskiego: I. Polkowski, Dwieście najstarszych inkunabułów z biblioteki kapitulnej krakowskiej od roku 1462-1500, Kraków 1887. Katalog ten był pionierski w dziedzinie inkunabulistyki na skalę Polski.
Nowy katalog inkunabułów został opracowany przez s. Klarę Antosiewicz CCSS:
Nasze inkunabuły znajdują się także w katalogu Incunabula Short Title Catalogue (ISTC) pod sygnaturami „Kraków Kap”
Sygnatura zbioru: Kraków, AiBKKK, Inc.
Rainerius Giordani z Pizy, „Pantheologia, sive Summa universae theologia”, Bazylea, wyd. Iacobus Florentinus, 1476
To pierwsza edycja słynnego kompendium, które zostało ułożone alfabetycznie, jako słownik ważnych pojęć teologicznych. Napisany przez dominikanina Raineriusa Giordani z Pizy (zm. 1351 r.) ok. 1331 roku, pod wpływem dzieł Tomasza z Akwinu. Dzieło stało się bardzo popularne w XV wieku. Jest jedną z najdłuższych w historii książek spisanych w średniowieczu.
Inkunabuł zakonserwowany w 2015 r.
Kraków, AiBKKK, Inc. 170
Biblia, Lat. cum postillis Nicolai de Lyra et expositionibus Guillelmi Britonis in omnes prologos s. Hieronymi et additionibus Pauli Burgensis replicisque Matthiae Doering…, Ed. Paulus a Mercatello. Venezia [Io. Herbort] Io. de Colonia, Nic. Jenson et sociis, 31 VII 1481
To wydanie części Biblii, wydanej w Wenecji w formacie folio, w języku łacińskim, a zawierającej księgi Starego Testamentu zaczynające się od Proroka Izajasza, a kończące na księdze Machabeuszy. Zostały one opatrzone postyllą, czyli komentarzem Mikołaja z Liry [Nicolaus de Lyra], żyjącego w 1 poł. XIV w. franciszkanina i słynnego egzegety oraz wykładowcy na paryskiej Sorbonie.
Inkunabuł zakonserwowany w 2019 r.
Kraków, AiBKKK, Inc. 103
Henricus de Segusio „Summa super titulis Decretalium” (sygn. Inc. 236) Strasburg 1478
To dzieło słynnego dekretalisty, kardynała Henryka z Suzy (1200-1271), zwanego Hostiensis. Był on wykładowcą prawa w Bolonii i Paryżu. To główne jego dzieło, określane jako summa aurea, napisana w 1253 r. Jest to wykład obowiązującego wówczas prawa, będącego syntezą prawa kanonicznego i prawa cywilnego rzymskiego. W tekście egzemplarza glossy sporządzone ręką Jana Stanki w 1488 r. (zm. przed 9 X 1493, doktor medycyny i botaniki, lekarz królewski, kanonik krakowski).
Inkunabuł został zakonserwowany w 2014 r.
Kraków, AiBKKK, Inc. 236
