Księgozbiór starodruków liczy ok. 3000 woluminów. Tematyka dotyczy przede wszystkim liturgii, teologii, filozofii, prawa, historii oraz literatury pięknej, geografii. Wśród nich są też liczne polonika. Ponadto jest też niewielki zbiór atlasów i słowników. Księgozbiór tworzą książki służące niegdyś liturgii w katedrze wawelskiej oraz pochodzące z dawnych bibliotek jej kolegiów kapłańskich: Rorantystów, Mansjonarzy, Penitencjarzy fundacji Foxa.
Duża część starodruków została zakupiona z likwidowanych bibliotek krakowskich zakonów, zwłaszcza Duchaków, Karmelitów Bosych, Jezuitów, Augustianów, a także z biblioteki lubelskiego konwentu Dominikanów. W zbiorze znajduje się też depozyt starodruków z Krakowskiego Seminarium Metropolitalnego. Biblioteka kapitulna przechowuje wybrane książki z biblioteki Zygmunta Augusta oraz niektórych biskupów, zwłaszcza z legatu abp. Franciszka Albina Symona i kanoników katedralnych np. Mateusza Gładyszewicza.
Katalog starodruków jest w przygotowaniu. O konkretne starodruki należy pytać w lektorium.
Sygnatura zbioru: Kraków, AiBKKK, RARA
Missale Romanum ex Decreto Sacrosancti Concilij Tridentini restitutum Pii V Pont[ifici] Max[imi] iussu editum, Wenecja 1578
Starodruk zakonserwowany w roku 2022
Kraków, AiBKKK, RARA III-2793
Zołtharz Dawidow, przez Mistrza Walentego Wrobla, niekiedy kaznodzieję Poznańskiego, na rzecz polską wyłożony, Kraków 1567, drukarnia Mikołaja Szaffenberga
Starodruk zakonserwowany w roku 2023
Kraków, AiBKKK, RARA I-218
Le tableau de la croix représenté dans les ceremonies de la S(ain)te messe ensemble le tresor de la devotion aux soufrances de N(ost)re S. I. C. le tout enrichi de belles figures, Paris, 1651, chez François Mazot, ruë S. Denis, III edycja z 1653 r.
Starodruk zakonserwowany w roku 2021
Kraków, AiBKKK, RARA I-1691
